確定申告書の完成手順｜会計ソフト別・売上別ガイド

最終更新日：2026年6月4日

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「会計ソフトを使っているのに、申告書の最後の完成ステップがよくわからない」

青色申告会の相談窓口でも、この悩みを持つ方は毎年います。freeeやマネーフォワードを導入していても、「申告書に出てくる項目の意味」「どこで確認すればいいか」「提出ボタンを押すまでの流れ」がわからなくて手が止まってしまう。この記事では、その「最後の壁」を一気に解決します。

まず確認：自分の申告パターンはどれ？

申告書の種類は、青色か白色か・課税事業者かどうかで変わります。最初にパターンを把握しておくと、準備の手間が激減します。

青色申告と白色申告の違いが不明な方は→青色申告と白色申告の違い
消費税の課税・免税の判断は→フリーランスの消費税 免税と課税どっちが得？

申告前に揃える書類・データ一覧

「書類が足りなくて申告書を完成できない」——これが一番多いつまずきです。12月中に以下を確認・保管しておくと、1〜3月の作業がスムーズになります。

全員共通

• 売上台帳・請求書控え（会計ソフトに入力済みであれば不要）
• 経費の領収書・レシート（会計ソフト入力済みなら保管のみ）
• マイナンバーカード（e-Taxで電子提出する場合）
• 還付先の銀行口座情報
• 国民年金の控除証明書（10〜11月にハガキで届く）
• 国民健康保険料の納付額（自治体から通知 or 支払い記録で確認）

控除を使う人は追加で

• iDeCoの小規模企業共済等掛金払込証明書（10〜11月に郵送）
• 小規模企業共済の掛金払込証明書（同上）
• 生命保険・地震保険の控除証明書（10〜11月に各保険会社から郵送）
• ふるさと納税の寄附金受領証明書（各自治体から随時送付）
• 医療費の領収書・集計表（医療費控除を申請する場合）

⚠️ iDeCo・小規模共済の証明書は会計ソフトへの手動入力が必要です。銀行連携では取得できません。毎年10〜11月にポストを確認してください。

申告書を完成させる全手順（5ステップ）

会計ソフトを使っている場合、確定申告書の作成は「帳簿の仕上げ」さえ終われば、ほぼ自動で完成します。

Step1：年間の取引入力を完成させる

12月31日時点のすべての売上・経費が入力されているか確認します。銀行・カードの自動連携で未処理の取引がないか、年末にチェックする習慣をつけてください。家賃や光熱費の業務使用割合（按分）も、この段階で入力します。

Step2：控除証明書の情報を入力する

iDeCo・小規模共済・生命保険・国民年金・国保の支払額を手動で入力します。これが抜けると、数万円単位で損をします。各ソフトで「控除」または「所得控除」メニューから入力できます。

Step3：決算処理と青色申告決算書の確認

減価償却資産がある場合は償却費を計上します。棚卸資産がある業種は期末在庫を確認します。ほとんどのフリーランスは減価償却・棚卸の対象が少なく、この工程は数分で終わります。その後、青色申告決算書（売上・経費の集計）の数字を見て、大きな違和感がないか目視確認します。

Step4：確定申告書を自動作成・確認する

会計ソフトの「確定申告書を作成」ボタンを押すと、青色申告決算書の数字を引き継いで申告書が自動生成されます。以下の項目だけ自分の目で確認してください。

• 第一表の「所得金額」欄：事業所得の金額が正しいか
• 「所得から差し引かれる金額」欄：入力した控除が全部反映されているか
• 「課税される所得金額」欄：マイナスになっていないか（なっていれば申告書の完成）
• 「還付される税金」または「納める税金」欄：金額に違和感がないか

Step5：e-Taxで電子提出する

確認が済んだら、会計ソフト内のe-Tax連携機能で電子送信します。マイナンバーカードをスマートフォンに読み取らせる「スマホ用電子証明書」方式が最も簡単です。送信後に「受付結果」の画面が表示されれば完了です。

freee・マネーフォワード・やよいの操作ポイント

→ 各ソフトの詳細な機能・料金比較：freee会計の正直レビュー ／ マネーフォワードクラウドの正直レビュー ／ やよいの青色申告オンラインの正直レビュー

やりがちな間違い3つ

「あとから追徴課税になった」案件のほとんどはこの3パターンです。

間違い①：控除証明書を入力していない

iDeCoや小規模企業共済の証明書は、会計ソフトに手動で入力しないと控除が反映されません。「証明書は届いたけど、ソフトに入れていなかった」という相談を窓口でも毎年受けます。年間数万円の損失になります。

間違い②：家賃・光熱費の按分を忘れる

在宅ワークのフリーランスは、家賃・電気代・通信費のうち業務使用割合分を経費にできます。「プライベートな支出だから」と遠慮して計上しない方が多いですが、合理的な根拠（業務使用時間・面積比率）があれば正当な経費です。

間違い③：消費税の申告を忘れる

インボイス登録をして課税事業者になった方は、所得税の確定申告とは別に消費税の確定申告も必要です（期限は3月31日）。会計ソフトで自動作成されますが、「所得税の申告だけ済ませた」という見落としが起きやすいです。消費税の申告については→フリーランスの消費税 免税と課税どっちが得？

提出スケジュールとe-Tax提出方法

申告期間

• 所得税の確定申告：翌年2月16日〜3月15日（還付申告のみ1月1日から可）
• 消費税の確定申告：翌年1月1日〜3月31日（所得税より2週間長い）
• 住民税：確定申告書を提出すれば自動的に反映。別途申告不要

e-Taxの提出方法

最も簡単なのはスマートフォン＋マイナンバーカードの組み合わせです。マイナポータルアプリでカードを読み取り、会計ソフトのe-Tax送信機能から直接提出できます。税務署に行く必要はありません。

マイナンバーカードを持っていない場合は「ID・パスワード方式」が使えますが、事前に税務署で手続きが必要です。まだマイナカードを持っていない方は早めに取得することをおすすめします。

まとめ｜申告書は「帳簿の仕上げ」が9割

• 自分の申告パターン（青色/白色・免税/課税）を最初に把握する
• iDeCo・小規模共済の控除証明書は10〜11月に届く。ソフトへの手動入力を忘れずに
• 申告書の作成はソフトが自動化してくれる。確認は「所得金額」「控除の反映」「納税額」の3点だけ
• 消費税の課税事業者は所得税とは別に消費税の申告（期限3月31日）も必要
• e-Tax提出でスマホ完結。税務署に行く必要はない

電子申告（e-Tax）に切り替えると65万円控除を受けやすくなります。→e-Taxの始め方【2026年版】もあわせてご覧ください。

会計ソフトを使えば、申告書の作成自体はそれほど難しくありません。難しいのは「年間を通じた帳簿管理」です。日頃から記帳を習慣化しておくと、1〜3月の申告作業が大幅に楽になります。